Izzivi uporabe visoko-pretočnega sekvenciranja (HTS) za rutinsko diagnostiko viroidov

Viroidne bolezni predstavljajo nenehno grožnjo svetovnemu kmetijstvu, saj lahko ti majhni in strukturno preprosti patogeni okužijo širok spekter gospodarsko pomembnih rastlin. Učinkovito preprečevanje in obvladovanje viroidnih okužb zato zahteva diagnostične pristope, ki omogočajo zanesljivo, občutljivo in specifično identifikacijo povzročiteljev bolezni. Z razvojem biokemije in molekularne biologije se je v zadnjih letih izboljšala občutljivost in specifičnost številnih diagnostičnih metod. Z zniževanjem stroškov sekvenciranja in večjo dostopnostjo se zelo hitro povečuje zanimanje za uporabo tehnologij visokopretočnega sekvenciranja (HTS) v rutinski rastlinski diagnostiki. Kljub velikemu potencialu HTS pa uvedba teh tehnologij v laboratorijsko prakso ostaja zahtevna. Med ključne izzive sodijo izbira ustrezne sekvenčne platforme in laboratorijskih protokolov, uporaba primernih bioinformacijskih orodij, zagotavljanje strokovno usposobljenega kadra ter vzpostavitev ustrezne računalniške infrastrukture. Čeprav so že oblikovani določeni standardi in smernice za uporabo HTS, ti zaradi specifičnih potreb laboratorijev niso univerzalno uporabni. Pregledni članek obravnava ključne vidike različnih pristopov HTS, njihove prednosti in omejitve ter prikazuje njihovo uporabnost na primeru diagnostike viroidnih bolezni.