شناسایی بیوانفورماتیک دو ویروس زعفران در ایران با استفاده از آنالیز داده‌های توالی‌یابی با راندمان بالا

زعفران (Crocus sativus) ‏یک گیاه چند ساله با ارزش است که به­ طور وسیعی در ایران بعنوان یک گیاه ادویه­ ای و دارویی کشت می­ شود. بیمارگرهای متعددی از جمله ویروس ­ها می­ توانند زعفران را آلوده کرده و کیفیت و کمیت محصول را کاهش دهند. بدلیل دردسترس نبودن مواد شیمیایی ضد ویروسی بصورت تجاری، تشخیص دقیق و قابل اعتماد یک جنبه حیاتی در مدیریت بیماری­ های ویروسی است. امروزه توالی ­یابی با بازده بالا (high throughput sequencing) به تکنولوژی رایج تشخیص ویروس ­های شناخته شده و نیز ویروس­ های جدید در گیاهان تبدیل شده است. در این مطالعه با استفاده از آنالیز توالی­ یابی با بازده بالا، ویروس پنهان زعفران (SaLV) و ویروس تی هسته داران (PrVT) درداده­ های ترانسکریپتوم حاصل از خامه زعفران شناسایی شد و ترادف تقریبا کامل این ویروس ­ها بدست آمد. ترادف نوکلئوتیدی SaLV 98.3 درصد یکسانی ترادف با تنها جدایه موجود در ژن بانک داشت. کمترین و بیشترین میزان یکسانی ترادف نوکلئوتیدی جدایه زعفران PrVT با تپوویروس های موجود در ژن­بانک بین 42.9 درصد (ویروس تی سیب زمینی جدایه پرو) و 76.9 درصد (جدایه GR168 ویروس تی زیتون(OlVT)) بود. در درخت تبارزایی، جدایه زعفران PrVT به همراه دو جدایه OlVT از یونان و یک جدایه PrVT در یک گروه قرار گرفتند. این تحقیق، اولین گزارش از وقوع PrVT بر روی زعفران در دنیا می باشد.